Η πτώση της ΑΕΓΕΚ οφείλεται εν πολλοίς και στις πολύ μεγάλες εκπτώσεις που πρόσφερε για να αναλάβει δημόσια έργα, με αποτέλεσμα να μην επαρκούν τα ποσά του προϋπολογισμού για την ολοκλήρωση των έργων και να διακόπτει τις εργασίες.
Γι’ αυτό και η εταιρία κηρύχτηκε έκπτωτη από μεγάλα δημόσια έργα και το Δημόσιο απέφευγε να συνάψει νέες συμβάσεις με τις επιχειρήσεις του ομίλου του Γιάννη Μαρούλη, ενώ ο έλεγχος της εταιρίας πέρασε στις Τράπεζες.
Αποκορύφωμα των αδυναμιών και της δεινής χρηματοοικονομικής θέσης του κατασκευαστικού ομίλου του Γιάννη Μαρούλη, αποτελεί το μετρό Θεσσαλονίκης, που οι καθυστερήσεις το μετέτρεψαν σε «φάντασμα», και τώρα το έργο ελέγχεται από τον Ελλάκτωρ του ομίλου Μπόμπολα.
Το πρόβλημα επεκτάθηκε και στην άλλη εταιρία του κ. Μαρούλη, την «Ιόνιο», που κηρύχτηκε έκπτωτη από δημόσια έργα στην Αμβρακία, λόγω της αδυναμίας της να τα ολοκληρώσει.
Παρ’ όλα αυτά, ο Γιάννης Μαρούλης, αναζητώντας σωτηρία για τον όμιλό του, συνεχίζει την προσφιλή του τακτική των μεγάλων εκπτώσεων. Έτσι κατάφερε να εξασφαλίσει την αποκατάσταση των βλαβών του οδικού δικτύου της Κεφαλονιάς, που προκλήθηκαν από τον σεισμό στις αρχές του χρόνου. Η συνολική δαπάνη του έργου ανέρχεται στα 4,9 εκατ. ευρώ και η εταιρία «Ι. Μαρούλης Α.Ε.» προσέφερε έκπτωση 33,80%. Ένα ποσοστό που θεωρείτο σίγουρο ότι θα του εξασφάλιζε το έργο, αφού λίγες εταιρίες προσφέρουν τόσο μεγάλη έκπτωση, με ελάχιστες φορές έχει ξεπεράσει για πολύ μεγαλύτερα έργα το 20%.
Είναι χαρακτηριστικό, ότι ο πρώτος διαγωνισμός για την αποκατάσταση του οδικού δικτύου της Κεφαλλονιάς πραγματοποιήθηκε στις αρχές Ιουλίου, αλλά κηρύχτηκε άγονος και επαναπροκηρύχθηκε στις 16 Ιουλίου, με την κατάθεση οκτώ συνολικά προσφορών.
Το υπουργείο Υποδομών, θέλοντας να τρέξει γρήγορα ο διαγωνισμός, κατά παρέκκλιση του νόμου, επέτρεψε την συμμετοχή όλων των εργοληπτικών επιχειρήσεων, ακόμη και αυτών που έχουν πτυχίο 6ης και 7ης τάξης. Μετά την αξιολόγηση των προσφορών, ανατέθηκε στον Γιάννη Μαρούλη το έργο.