Δραματική κατάρρευση των ιχθυαποθεμάτων στο Ανατολικό Αιγαίο εντοπίζουν οι ερευνητές, καθώς η μείωση του αλιευτικού πλούτου σε σχέση με πέρσι έφτασε το 51%. Εντύπωση προκαλούν τα στοιχεία της περιβαλλοντικής οργάνωσης Αρχιπέλαγος ότι η υποχώρηση εμπορικών ψαριών και ειδών της θάλασσας, το ίδιο διάστημα έφτασε το 88%.
Οι κυριότεροι λόγοι είναι η ανεξέλεγκτη αλιεία, η χρήση παράνομων μεθόδων (μηχανότρατες, βιντζότρατες, γρι γρι), η αλιεία με εκρηκτικά και η μόνιμη απουσία των αρμόδιων αρχών. «Βιντζότρατες και μηχανότρατες, αλιεύουν αδιάκοπα σε πολύ μικρή απόσταση από τις ακτές, παραβιάζοντας θρασύτατα την ελληνική και ευρωπαϊκή νομοθεσία». Χαρακτηριστική περίπτωση είναι η περιοχή των Κουφονησίων, όπου σύμφωνα με την Οργάνωση τους τελευταίους μήνες η κατάσταση βρίσκεται εκτός ελέγχου. «Τα παράνομα αλιεύματα διακινούνται «νομίμως» και σίγουρα χωρίς κανένα έλεγχο, σε παρακείμενα νησιά και από εκεί μεταφέρονται ανενόχλητα στην Αθήνα με φορτηγά ψυγεία».
Επίσης στη νότια Νάξο, την Αμοργό, την περιοχή γύρω από τα Κουφονήσια και στη νότια Κρήτη πραγματοποιείται σχεδόν καθημερινά και εντελώς απροκάλυπτα αλιεία με δυναμίτιδα. Οι ανενόχλητοι καταστροφείς εκτός από την αυτοσχέδια δυναμίτιδα με μίξη νιτρικής αμμωνίας και πετρελαίου, χρησιμοποιούν και εκρηκτική δυναμίτιδα (η διακίνηση της οποίας γνωρίζει ιδιαίτερη άνθηση στην περιοχή το τελευταίο διάστημα).
Τα περισσότερα από 16.000 σκάφη παράκτιας αλιείας αποτελούν την πλειονότητα του μεγαλύτερου αλιευτικού στόλου στην Ευρώπη, που όμως αλιεύει χωρίς να υπάρχει κανένα πλαίσιο ελέγχου ή παρακολούθησης.
Πρόσθετο πρόβλημα αποτελεί η ερασιτεχνική αλιεία με ψαροντούφεκο, κατάδυση και υποβρύχιο φωτισμό. Όλο και περισσότεροι άνθρωποι, εξαντλούν με αθέμιτα μέσα και για εμπορικούς σκοπούς τα ήδη επιβαρυμένα ιχθυαποθέματα της παράκτιας ζώνης, τα οποία χαρακτηρίζονται εκτός των άλλων και από αργό ρυθμό ανάπτυξης.
Σύμφωνα με τα στοιχεία της Αρχιπέλαγος, το ισχύον πλαίσιο διαχείρισης και ελέγχου της αλιείας είναι ιδιαίτερα ελλιπές. Παρόλο που το 2006, τέθηκε σε ισχύ ο Ευρωπαϊκός Κανονισμός 1967/2006, η ελληνική νομοθεσία αυθαιρέτως κάνει μόνο (και μάλιστα σε ελάχιστες περιπτώσεις) μερική και επιλεκτική εφαρμογή του κανονισμού, αντιβαίνοντας ακόμα και στις υποχρεώσεις της Ελλάδας ως μέλος της Ε.Ε.
Όπως αναφέρεται ακόμα και εν έτει 2011 τα μέτρα αλιευτικής διαχείρισης βασίζονται σε βασιλικά διατάγματα (!) και σε αντιλήψεις μίας άλλης εποχής. Ως αποτέλεσμα τα ιχθυαποθέματα υπεραλιεύονται και συρρικνώνονται με ανησυχητικό βαθμό τα παραγωγικά οικοσυστήματα της θάλασσας, ενώ πολλά αλιευτικά πεδία κινδυνεύουν με κατάρρευση.
