Τα έργα και οι ημέρες των διοικήσεων της ΕΠΟ κατά την περίοδο 2006 – 2011 βρίσκονται στο στόχαστρο του ΣΔΟΕ μετά από δημοσιεύματα του Τύπου που αναφέρονται σε χιλιάδες εικονικές μετρήσεις σε ποδοσφαιριστές στο πλαίσιο του προγράμματος της “κάρτας υγείας”, οι οποίες φέρονται να ζημίωσαν με εκατομμύρια ευρώ την Ελληνική Ποδοσφαιρική Ομοσπονδία.
Το πρόγραμμα αφορά παροχή ιατρικών υπηρεσιών σε αθλητές κυρίως των ερασιτεχνικών κατηγοριών. Οι οικονομικοί εισαγγελείς έδωσαν εντολή στην περιφερειακή διεύθυνση του ΣΔΟΕ για τη διενέργεια προκαταρκτικής έρευνας προκειμένου να διαπιστωθεί τυχόν διάπραξη του αδικήματος της απιστίας στην υπηρεσία. Στο επίκεντρο των ερευνών θα βρεθούν οι διοικήσεις της ΕΠΟ τόσο επί Βασίλη Γκαγκάτση όσο και επί Σοφοκλή Πιλάβιου.
Η επίμαχη σύμβαση για το πρόγραμμα της “κάρτας υγείας” υπογράφηκε στις 22/9/2005 μεταξύ της ποδοσφαιρικής ομοσπονδίας και της εταιρείας OPEDEK A.E και προέβλεπε τη δημιουργία κεντρικού συστήματος παρακολούθησης αθλητών σε θεραπευτήρια υγείας και 53 σταθμούς σε όλη τη χώρα καθώς και τουλάχιστον 250.000 μετρήσεις σε αθλητές. Προηγουμένως η ΕΠΟ είχε επιχορηγηθεί από την ΟΥΕΦΑ με 1 εκατομμύριο ευρώ για το σκοπό αυτό.
Η εταιρεία με την οποία υπογράφηκε η σύμβαση απορροφήθηκε από την PC Systems και η σύμβαση παρέμεινε σε ισχύ, ενώ υπογράφηκε νέα σύμβαση στις 19/2/2010 για την αξιόπιστη μεταφορά βιολογικών δειγμάτων των αθλητών και τη διενέργεια ειδικών εξετάσεων.
Ωστόσο, όπως αναφέρουν τα δημοσιεύματα, κατά την περίοδο 2006 – 2011 η ΕΠΟ πλήρωσε 9,7 εκατ. ευρώ που αντιστοιχούν σε 1,5 εκατομμύριο μετρήσεις! Στην πραγματικότητα, όμως, αυτές οι μετρήσεις δεν ξεπερνούσαν τις 15.530.