Το 2007 υπέγραψε συμβόλαιο στην Πόρτο, αλλά αγωνίστηκε για μία χρονιά στην Αμαδόρα ως δανεικός.
Στα 21 του επέστρεψε στους «δράκους» και κατάφερε να καθιερωθεί στη βασική ενδεκάδα, χάρη στο δυναμικό παιχνίδι του.
Ο Φερνάντο, μετά από 117 παιχνίδια στο πορτογαλικό πρωτάθλημα, έχει μπει στο μεταγραφικό στόχαστρο πολλών ευρωπαϊκών ομάδων, οι οποίες ασκούν πίεση στη διοίκηση της Πόρτο προκειμένου εκείνη να μειώσει τις οικονομικές απαιτήσεις της.
Πληροφορίες της «A Bola», όμως, κάνουν λόγο για… σθεναρή αντίσταση των ανθρώπων της πρωταθλήτριας Πορτογαλίας, οι οποίοι επαναλαμβάνουν σε όλους τους τόνους πως ο Φερνάντο παραχωρείται σε όποιον πληρώσει τη ρήτρα του συμβολαίου του, η οποία ανέρχεται στα 30 εκατ. ευρώ.
Η πορτογαλική εφημερίδα θεωρεί πως, με τα μέχρι τώρα δεδομένα, δεν υπάρχει περίπτωση να βρεθεί σύλλογος πρόθυμος να δαπανήσει περισσότερα από 15 εκατ. ευρώ, καθιστώντας τη μεταγραφή του Βραζιλιάνου, απαγορευτική. Κάτι που σημαίνει πως ο Φερνάντο θα συνεχίσει την καριέρα του στην Πόρτο, εκτός και αν αλλάξει η στάση της διοίκησης των «δράκων».
