Νόμιμο κρίθηκα από το Ε’ Τμήμα του Συμβουλίου της Επικρατείας το Προεδρικό Διάταγμα για την ανασύσταση του υπουργείου Ναυτιλίας, το οποίο μετονομάζεται σε «υπουργείο Ναυτιλίας και Αιγαίου».
Στο Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο είχε κατατεθεί σχέδιο διατάγματος με το οποίο καθορίζονται οι υπηρεσίες οι οποίες θα υπαχθούν στο υπουργείο Ναυτιλίας και Αιγαίου, ενώ στις αρμοδιότητές του επανέρχεται το Λιμενικό Σώμα το οποίο έχει μετονομασθεί σε «Λιμενικό Σώμα-Ελληνική Ακτοφυλακή».
Με την υπ’ αριθμ. 104/2012 γνωμοδότησή τους, οι σύμβουλοι Επικρατείας αφού αναφέρονται στις αλλεπάλληλες μετονομασίες και οργανωτικές μεταβολές που δέχθηκε στη δομή και διάρθρωσή του το επίμαχο υπουργείο από το 2007 έως σήμερα, υπογραμμίζουν ότι «καθίσταται επιτακτική ανάγκη αφενός η έκδοση νομοθετήματος με κωδικοποιητικό περιεχόμενο, για την συστηματική καταγραφή της οργανωτικής δομής και των αρμοδιοτήτων όλων των υπουργείων και αφετέρου η κατάρτιση, το ταχύτερο δυνατόν, νέων οργανισμών των υπουργείων, με βάση την υφιστάμενη διάρθρωση και τις απορρέουσες από τη διάρθρωση αυτή αρμοδιότητές τους».
Παράλληλα, οι δικαστές (πρόεδρος ο σύμβουλος Επικρατείας Ν. Ρόζος και εισηγητής ο πάρεδρος Χ. Παπανικολάου) έκριναν νόμιμο το επίμαχο διάταγμα, όπως επίσης συμφώνησαν με την παραμονή της Γενικής Διεύθυνσης Αλιείας και των υπηρεσιών της (προσωπικό κ.λπ.) στο υπουργείο Ανάπτυξης.