Στο επανασυσταθέν υπουργείο Ναυτιλίας επιστρέφει η Γενική Γραμματεία Ασφάλειας Ναυσιπλοϊας και κατ’ επέκταση το Λιμενικό Σώμα, κάτι που αποτελούσε βασικό και χρόνιο αίτημα του ναυτιλιακού κόσμου.
Στο υπουργείο Ναυτιλίας παραμένουν οι τρεις γενικές γραμματείες Ναυτιλίας, Αιγαίου και Λιμένων.
Η Γενική Διεύθυνση Αλιείας και το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Αλιείας που παλαιότερα ήταν υπό την εποπτεία του υπουργού Ναυτιλίας, έχουν παραμείνει στην ευθύνη του πρώην υπουργείου Ανάπτυξης Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας και αναμένεται σύντομα, σύμφωνα με πληροφορίες, να υπάρξει ρύθμιση για το θέμα.
Συγκεκριμένα σύμφωνα με το άρθρο 5 του Π.Δ. 85/2012 «ιδρύεται Υπουργείο Ναυτιλίας, το οποίο συγκροτείται από:
α) τις υπηρεσίες που ανήκαν στο πρώην Υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας, Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής και μεταφέρθηκαν με τα π.δ.184/2009 (Α΄ 213), 189/2009, 50/2010 (Α΄89) και 127/2010 (Α΄ 214) στο πρώην Υπουργείο Προστασίας του Πολίτη, όπως αυτές έχουν διαμορφωθεί κατά την έκδοση του παρόντος, με τις αρμοδιότητες, όργανα, θέσεις και προσωπικό τους και τους φορείς που αυτές επόπτευαν.
β) τις υπηρεσίες που ανήκαν στο πρώην Υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας, Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής και μεταφέρθηκαν στο πρώην Υπουργείο Ανάπτυξης, Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας με τα π.δ. 185/2009 (Α΄ 213), 189/2009 (άρθρο 4 παρ. 4), 50/2010(άρθρο 1 περίπτ, α΄) και 65/2011 (άρθρο 4), όπως αυτές έχουν διαμορφωθεί κατά την έκδοση του παρόντος, με τις αρμοδιότητες, όργανα, θέσεις και προσωπικό τους και τους φορείς που αυτές επόπτευαν».
