Αντιπαράθεση για την ανέγερση του τζαμιού στον Βοτανικό υπήρξε στη Βουλή, ανάμεσα στον υπουργό υποδομών Μιχάλη Χρυσοχοΐδη και τον βουλευτή της Χρυσής Αυγής Ηλία Παναγιώταρο.
Ο υπουργός κατηγόρησε τον βουλευτή της Χρυσής Αυγής για «εθνικιστικό παραλήρημα», καθώς ο Ηλ. Παναγιώταρος έκλεισε την παρέμβασή με τη φράση «φωτιά και τσεκούρι στους προσκυνημένους». Σημειώνεται ότι ο βουλευτής της Χρυσής Αυγής απέδωσε την φράση στον «Κωνσταντίνο Κολοκοτρώνη», μπερδεύοντας το μικρό όνομα του Θεόδωρου Κολοκοτρώνη.
Ο Ηλίας Παναγιώταρος χαρακτήρισε πρόκληση την ανέγερση του μουσουλμανικού τεμένους και πρότεινε να γίνει δημοψήφισμα. Ο κ. Χρυσοχοΐδης απάντησε με αιχμές και για τον αντιπρόεδρο της Τουρκίας, λέγοντας ότι την ώρα που η Χρυσή Αυγή λέει όχι στο τζαμί στην Αθήνα, «απέναντι κάποιοι άλλοι με τα μυαλά τα δικά σας, λένε να γίνει η Αγιά Σοφιά τζαμί. Πουλάτε μίσος για τον κόσμο και στύβετε τις ψυχές και τα μυαλά των ταλαιπωρημένων ανθρώπων».
«Δεν χωρίζω τους ανθρώπους σε πόντιους, μουσουλμάνους, βουδιστές και ότι άλλο και όταν απαντώ έτσι νιώθω πιο Έλληνας. Είστε λάθος, μιλάτε άμυαλα και πράττετε άστοχα», είπε ο υπουργός και πρόσθεσε ότι ο ίδιος έχει ποντιακή και μικρασιατική καταγωγή. «Το 1922 κάποιοι παλαιοελλαδίτες σαν και εσάς φώναζαν του παππούδες μας τουρκόσπορους», είπε.
